Zelfstandig / persoonlijk advieswerk

Van juli 1988 tot november 1998 is Frans Tonnaer lid van de Commissie voor de Milieu-effectrapportage.

Van 1992 tot medio 2018  runt hij een juridisch adviesbureau. Eerst op het terrein van het milieurecht en vanaf  1998 op het bredere gebied van het omgevingsrecht. 

Vanaf medio 2018, na de overdracht van zijn adviesbureau, zet hij zijn onderzoeks- en advieswerkzaamheden en zijn publicaties op rechtswetenschappelijk gebied voort op persoonlijke titel en onder Frans Tonnaer Holding I B.V.